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“申芯一号” | 上海地方猪60K液相保种选育芯片发布

作者:课题五张德福  来源:原创  发布时间:2023-09-11

2023年9月,上海市农业科学院畜牧兽医研究所戴建军研究团队成功开发了一款适用于上海及周边地区地方猪种的60 K液相保种选育芯片——“申芯一号”。该芯片采用了模块灵活组合的设计思路,在博瑞迪生物已开发的猪液相芯片模块(由商品猪群体开发)的基础上添加了适用于上海及周边地区地方猪种品种识别的18.9K液相芯片模块,组合形成了上海地方猪60K液相芯片。其中该18.9K模块可以用于上海及周边地区25个猪种的纯度鉴定及亲缘关系分析,而整体的60 K模块可以用于猪群的遗传多样性评估及基因组选择。通过两个模块的灵活拆分组合,既节约了基因型检测的分型成本,也能确保群体遗传评估的准确性。

本次开发的芯片整体SNP位点在染色体上均匀分布、密度适中,且整合大量的功能基因相关SNP位点,检测性价比高。利用200份上海地方猪种以及相关二元及三元杂交个体的测试结果表明,该芯片的位点捕获效率在99.41%-99.82%之间,经过模型计算可准确估计上海地方猪种个体的血统纯度百分比,准确率达到99.5%,可满足上海及周边地区地方猪种的品种鉴定和纯度分析需求。 目前,该芯片已在上海嘉定区梅山猪育种中心开始应用,进行梅山猪全群遗传多样性分析、亲缘关系鉴定和选种选配应用等。同时结合场内的表型组测定数据,进行梅山猪优良特色基因的挖掘和QTL定位等研究。本芯片的开发和利用,有利于维护地方猪种的遗传多样性,加快推进培育具有自主知识产权的优质特色地方猪新种质,推动地方猪产品的品质提升、品牌打造和产业化提升!

申芯一号的开发,主要依托于农业农村部畜禽资源(猪)评价利用重点实验室、上海市畜禽遗传资源基因库和上海市农业遗传育种重点实验室等省部级研究平台,也得益于十四五国家重点研发计划项目《主要农业单胃动物和水产生物珍稀濒危种质资源的抢救性保护》的资助。

                               图1位点在猪参考基因组上的位置分布图.jpg              

1 “申芯一号”在猪参考基因组染色体上的分布图

 

实物展示图.jpg

2 “申芯一号”液相芯片的实物展示图