藏鸡和雪域白鸡是西藏地区最重要的两个鸡遗传资源，为高原上的人类提供了优质的肉、蛋产品。雪域白鸡目前由西藏自治区农科院畜牧科学研究所保护和利用，藏鸡则仅在自治区零星保种，但均没有国家和省级保种场，因此西藏藏鸡遗传资源的保护工作迫在眉睫。品种的遗传多样性研究是遗传资源保护的重中之重。

课题2团队成员采用日喀则、尼木、达孜和林芝藏鸡群体和雪域白鸡等5个群体共113只鸡进行全基因组测序数据，通过遗传分化、纯合片段（ROH）、基因组近亲系数和选择特征等分析来评估这些鸡种的遗传多样性和环境适应性。

本项结果显示了5个鸡群体的遗传多样性较高，且相互独立。雪域白鸡群体连锁不平衡衰减高于其他群体。不同群体之间的遗传分化较小（Fst在0.05到0.10之间）。此外，基于ROH的近交系数（FROH）在雪域白鸡群体中最高，达到0.11。在其他群体中，FROH则介于0.04~0.06。我们在日喀则、尼木、达孜和林芝藏鸡群体和雪域白鸡群体中分别发现了74个、111个、62个、42个和54个包含排名前1% SNP的ROH岛，其中5个群体共有ROH岛注释到的基因包括BDNF、CCDC34、LGR4、LIN7C、GLS、LOC101747789、MYO1B、STAT1和STAT4。表明这些基因在鸡的适应中起着至关重要的作用。进一步整合选择信号分析和鸡QTL数据库数据，本研究还鉴定到8号染色体上的AMY2A、NTNG1和VAV3基因所在的共同候选基因组区域，这些基因与消化、神经轴突生长和高原适应有关。

本研究结果有助于理解西藏藏鸡遗传多样性，为鸡品种高海拔环境适应性的遗传机制解析提供了新的见解，同时有助于制定和实施西藏藏鸡遗传资源的保护策略。